1941-ci ildən Heydər Əliyev Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında və Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində şöbə müdiri vəzifəsində işləmiş və 1944-cü ildə dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında işə göndərilmişdir. Bu dövrdən təhlükəsizlik orqanları sistemində çalışan Heydər Əliyev 1964-cü ildən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildən isə sədri vəzifəsində işləmiş, general-mayor rütbəsinə qədər yüksəlmişdir. Həmin illərdə o, Leninqrad şəhərində (indiki Sankt-Peterburq) xüsusi ali təhsil almış, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirmişdir.
Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin 1969-cu il iyul plenumunda Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olmuşdur. 1982-ci ilin dekabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun üzvü seçilən Heydər Əliyev SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsinə təyin edilmiş və SSRİ-nin rəhbərlərindən biri olmuşdur. Heydər Əliyev iyirmi il ərzində SSRİ Ali Sovetinin deputatı, beş il isə SSRİ Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur.
Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən Baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən istefa vermişdir.
Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.
1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.
1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandıqda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbi ilə ayağa qalxdı. Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular. Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi. Bu gün, tarixə "Milli Qurtuluş Günü" kimi daxil oldu. İyulun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.
1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə, onun qətiyyəti, əzmkarlığı və uzaqgörənliyi nəticəsində 1994-cü ilin may ayının 12-də Ermənistanla atəşkəs haqqında razılaşma əldə olundu, beş ildən artıq davam edən hərbi əməliyyatlar dayandırıldı, münaqişənin sülh yolu ilə aradan qaldırılması üçün ilkin şərait yarandı.
Məhz atəşkəsə nail olduqdan sonra bütün bu işlər üçün geniş imkan və şərait yaranmış oldu və bu sahədəki işlərin vüsəti xeyli artdı. Heydər Əliyev məsələnin sülh yolu ilə həll olunmasına tərəfdar olduğunu bildirdi və onun gərgin fəaliyyəti nəticəsində ATƏT-in Minsk qrupu çərçivəsində intensiv sülh danışıqları aparıldı.
ATƏT-in 1994-cü il Budapeşt, 1996-cı il Lissabon və 1999-cu il İstanbul sammitlərində münaqişənin dinc və siyasi yollarla həlli istiqamətində bir sıra mühüm təkliflər irəli sürüldü. Xüsusilə, 1996-cı ildə ATƏT-in Lissabon Zirvə görüşü zamanı Heydər Əliyevin siyasi uzaqgörənliyi və müdrikliyi sayəsində Azərbaycanın mövqeyi Ermənistan istisna olmaqla, dünyanın 53 dövləti tərəfindən qəbul edildi, tanındı və müdafiə olundu.
1994-cü il sentyabrın 20-də imzalanmış "Əsrin müqaviləsi" Azərbaycan Respublikasının siyasi, iqtisadi və informasiya blokadası şəraitində olan bir vaxtda imzalandı. Həmin dövrdə Azərbaycan haqqında dünyada təsəvvür ya ümumiyyətlə yox idi, yaxud da ki, respublikamız barəsində yalnız mənfi rəy formalaşmışdı. Heydər Əliyev belə bir gərgin şəraitdə dünyanın 7 inkişaf etmiş qüdrətli dövlətini təmsil edən 11 neft şirkəti ilə "Əsrin müqaviləsi"ni imzalamağa müvəffəq oldu. Azərbaycan üçün həyati əhəmiyyəti olan bu müqavilə həm respublikanın daxilində sabitliyin bərqərar olunması, həm də xarici siyasətdə uğurların əldə edilməsində müstəsna rol oynadı.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin bu və digər fərman və sərəncamlarında qarşıya qoyulan vəzifələrin hüquq-mühafizə orqanları tərəfindən müvəffəqiyyətlə həyata keçirilməsi, görülmüş kompleks və çevik əməliyyat tədbirləri 1994-cü ilin oktyabrı və1995-ci ilin martında dövlət çevrilişi cəhdlərinin aradan qaldırılması, ölkə Prezidentinin fiziki məhvinə yönəldilmiş sui-qəsdlərin qarşısının alınmasını, onların təşkilatçılarının ifşa olunmasını təmin etmiş, respublikada siyasi qarşıdurma yaratmaq cəhdlərinə qətiyyətlə son qoyulmuşdu.
H.Əliyevin rəhbərliyi ilə 1995-ci il noyabrın 12-də Azərbaycan Respublikasının ilk konstitusiyası ümumxalq səsverməsi yolu ilə qəbul edildi. Elə həmin gün Azərbaycan Respublikasında ilk demokratik parlament seçkiləri keçirildi.
O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi.
2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina etdi.
2003-cü il dekabrın 12-də Azərbaycanın ümummilli lideri Heydər Əliyev Amerika Birləşmiş Ştatlarının Klivlend Klinikasında vəfat etmişdir.
