Tarixçilər indiyədək əldə etdikləri faktlara əsasən əmin idilər ki, Tutanhamonun atası Exnatondur, ancaq anasının kimliyi ətrafında uzun müddətdir, elmi diskussiyalar gedirdi. Bir neçə dəfə genetik tədqiqatlar təsdiqləyib ki, Tutanhamon qan qohumluğu olan insanların izdivacından doğulub. İndiki halda isə söhbət qardaş və bacı arasındakı izdivacdan gedir.
Fransa misirşünası Mark Habold əvvəlki genetik tədqiqatlara əsaslanaraq belə nəticəyə gəlir ki, böyük ehtimalla Tutanhamonun anası Exnatonun hansısa başqa qadını deyil, məhz Nefertiti olub. Yeri gəlmişkən, bir neçə il öncə alimlər Tutanhamonun anasının həqiqətən də fironun bacısı və ya arvadı olduğunu təsdiqləyiblər. Ancaq bu adamın Nefertiti olduğu deyilmirdi. Qeyd edək ki, bəzi mülahizələrə görə, Nefertiti Exnatonun doğma bacısı olmayıb.
Əvvəlki elmi layihələrlə müəyyənləşdirilib ki, yeni çarlıq dövrünün 16-cı mumiyaları arasında qohumluq əlaqələri mövcuddur. 2007-ci ilə təsadüf etmiş həmin araşdırmalar Tutanhamonun anasının Nefertiti olmadığını söyləməyə əsas verirdi. Ehtimal edilirdi ki, fironun anası adına Çarlar vadisindəki 35 nömrəli gizli qəbirdə basdırılmış gənc qadının mumiyası iddialı ola bilər. Üzərindən bir müddət keçdikdən sonra Qahirə Universitetinin səhiyyə fakultəsində və bu tədqiqatla paralel şəkildə Almaniya alimləri tərəfindən aparılmış DNK analizinin nəticələri də belə düşünməyə əsas verirdi. Ancaq yenə də Tutanhamonun anasının kimliyi müəmmalı idi. Əlbəttə, daha çox Exnatonun doğma bacısı çariça Satamonun üzərində dayanıldığını xüsusi qeyd etmək lazımdır.
Mark Haboldun fikrincə, üçüncü nəsildə doğulmuş uşağın DNK-sı qardaş və bacının izdivacından doğulmuş uşağın DNK-sına oxşayır. Buna görə də Tutanhamon məhz Exnatonla Nefertitinin belə desək, nigah ittifaqının məhsuludur. Alim apardığı araşdırmalar nəticəsində Tutanhamonun tarixi xarakteri barədə də yeni qeydlər ortaya çıxarıb. Xüsusən də tarixçi fironun real qəbrinin yenə də tapılmamış qalmasına diqqəti çəkir. Habold əmindir ki, bir vaxtlar Karterin axtardığı qəbirdəki sarkofaq heç bir halda ona məxsus ola bilməz. Çünki Tutanhamon gözlənilmədən və 19 yaşında dünyasını dəyişdiyindən firon üçün təmtəraqlı qəbir hazırlamaq tezliklə başa gətirilə bilinməzdi. Özünün Harvard Universitetində oxuduğu "Tutanhamonun hakimiyyətinin, mənşəyinin və qəbrindəki xəzinənin məlum olmayan aspektləri" adlı ikinci mühazirəsində Habord fironun həyatının digər detalları, o cümlədən iştirak etmədiyi Suriya əməliyatı üzərində də dayanır.
Ümumən məlumdur ki, Nefertinin adının çəkilməsi 1912-ci ilin dekabrında alman arxeoloqlarının çariçanın heykəlini tapması ilə bağlıdır. O da məlumdur ki, mühüm incəsənət incisi kimi xatırlanan bu heykəl hazırda Berlinin Misir muzeyində saxlanılır. Ancaq göründüyü kimi, misirşünaslar çariçanın və onun həyat yoldaşı Exnatonun həyatının tədqiqinə davam edirlər. Əgər incəsənət olmasaydı, Tutanhamon valideynlərindən fərqli olaraq tarixdə iz buraxmazdı. Bunu deyərkən onu da nəzərə alaq ki, digər fironlardan fərqli olaraq onun sarkofaqı hazırda daha yaxşı halda saxlanılıb.
Maraqlı cəhətlərdən biri də budur ki, Exnaton və Nefertitinin münasibətlərinədək Misir incəsənətində müqəddəs ailə təsviri olmayıb. Mövcud məqamda müxtəlif barelyeflərdə çar ailəsinin həyatı ilə bağlı intim səhnələr, tarixçilərin fikrincə, yalnız ritual səciyyə daşıyır.
Ancaq onu da vurğulamaq lazımdır: qədim Misirlə əlaqədar ədəbiyyatlarda tez-tez bildirilir ki, Exnaton və Nefertitinin ailə münasibətlərindən oğul övladları dünyaya gəlməyib. Deyilənə görə, Nefertinin altı qızı olub. Onlardan ilk üçü - Meritaton, Maketaton və Anxesanpaaton Fivdə günəşin şəhərə gəlişindən öncə (fəsil mənasında) anadan olub. Dördüncü qız Nefr-neferu-Aton Axetatonda ailənin bu şəhərə gəlişinin altı, yaxud doqquzuncu aylarında dünyaya göz açıb. Nəhayət, sonuncu iki uşaq Nefer-neferu-Ra və Setek-en-Ra doqquz-on ikinci aylar aralığında doğulub. Hökmdarların qızlarının adlarının çəkildiyi bütün mətnlərdə şahzadələrdən beşinin Nefertitinin qızı olduğu göstərilir, ancaq onların ataları barədə yazılmır. Təbii ki, oğul övlad haqqında da qeydə rast gəlinmir. Belədə Tutanhamonun mənşəyi yenə də müəmma olaraq qalır.