1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi
Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən baş katib Mixail Qorbaçovun
yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən
istefa verib, siyasi fəaliyyətini bir müddət dondurub. Lakin
1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi
qanlı faciədən sonra yenidən siyasi fəaliyyətə qayıdıb, faciənin
ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış
edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin
təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb edib. O,
Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ
rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci
ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk
edib. 1990-cı ilin iyulundan Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk
əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşayıb, Azərbaycan Ali Sovetinə
deputat seçilib. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar
Respublikasına rəhbərlik edib.
Yeni Azərbaycan tarixinin ən çətin dönəmində - 1993-cü ilin
iyununda baş vermiş siyası böhranla əlaqədar o zamankı respublika
rəhbərləyi tərəfindən Bakıya siyasi rəhbərliyə dəvət edilən Heydər
Əliyev ölkədə vətəndaş müharibəsinin qarşısını ala bilib və xaosu
dayandırıb. 1993-cü il oktyabrın 3-də keçirilən seçkidə Azərbaycan
Respublikasının Prezidenti seçilən Heydər Əliyev ölkənin xırda
oyuncaq rejimlərə bölünməsi təhlükəsini aradan qaldırıb. Atəşkəs
rejimi imzalamaqla Azərbaycanı iqtisadi və siyasi böhrandan xilas
etmək üçün tutarlı addımlar atıb. Məhz onun gərgin əməyinin
nəticəsində bir sıra beynəlxalq şirkətlərlə "Azəri-Çıraq-Günəşli"
yataqlarının işlənməsi üzrə "Əsrin müqaviləsi" imzalanıb, bununla
da Azərbaycanın iqtisadi və siyasi suverenliyinin əsası qoyulub. 12
dekabr 2003-cü ildə sıralarımızı tərk edən Heydər Əliyevin xatirəsi
əbədi olaraq Azərbaycan xalqının yaddaşına həkk olub. Zaman
keçdikcə, tarix durulduqca Azərbaycan xalqı Ulu Öndərin xilaskarlıq
missiyasının dövlətçiliyimizə verdiyi töhfələri daha dərindən
anlayır.