2019/2020-ci tədris ilindən başlayaraq Dövlət Gömrük Komitəsinin Akademiyasında ilk dəfə magistratura səviyyəsinə qəbul aparılır. Akademiyanın magistratura pilləsinə qəbul Dünya iqtisadiyyatı - Gömrük işi və Hüquqşünaslıq - Beynəlxalq hüquq ixtisasları üzrə həyata keçirilir.